La méthanisation ne doit pas être promue comme une solution miracle. En effet, les inconvénients et les risques que présente cette filière sont nombreux. Il est tout d’abord à noter que cette filière est encore relativement jeune : ses impacts à grande échelle sont encore difficiles à appréhender et, à l’échelle locale, les conséquences de la méthanisation sur les sols et l’eau sont méconnues. Certains grands projets de méthaniseurs sont décriés par des collectifs de riverains et des associations locales en raison de l’opacité de ces projets et des nuisances liées à la production des méthaniseurs. Car en plus des nuisances directes, l’utilisation de cette technologie présente des risques d’incidents et de pollution importants : le débordement d’un méthaniseur à Châteaulin en 2020 a pollué un cours d’eau à l’ammoniac, privant ainsi d’eau potable 180 000 personnes durant plusieurs jours. Par ailleurs, il est possible que le développement de cette filière aboutisse à une approche plaçant la production agricole au service de la production d’énergie, modifiant de fait la production associée à certaines terres agricoles. Cette orientation aurait en effet des impacts dramatiques en matière d’environnement, de compétition des terres et d’accès au foncier, puisque des hectares de culture seraient accaparés par des groupes industriels non agricoles et dédiés à la production intensive de céréales pour alimenter les méthaniseurs.